Il borgo prende il nome dai 23 mulini che un tempo esistevano lungo i corsi d'acqua dell'Argentina e del Capriolo. Nel trecento, Molini era sotto il dominio di Carlo Grimaldi, Signore di Ventimiglia. La sua storia, si confonde con quella di Triora, poichè Molini, nel 1625, venne coinvolta nella lotta tra Felice 1° di Savoia e la Repubblica di Genova e fu totalmente distrutta. Nel 1797 entrò a far parte della Repubblica Ligure; divenne comune nel 1903. Il Santuario della Madonna della Montà, in stile romanico, risale al tardo 400. Conservato nella chiesa di San Lorenzo Martire un polittico di Emanuele Macario da Pigna del 1540.